2005年3月10日，布鲁塞尔孔子学院建设协议在中国驻比利时大使馆签署, 这是建立的最早的孔子学院之一。2006年9月1日开始正式运营。2006年9月22日，布鲁塞尔孔子学院在比利时外交部埃格蒙宫正式揭牌成立，由北京外国语大学和比利时比中协会合作共建。布鲁塞尔孔子学院位于比中协会总部内，面积1000平方米左右，包含4间教室、2间办公室和1个90平方米、藏书5000册的图书馆，还有1个专供中国厨艺展示和授课的厨房。除了本部的汉语教学外，布鲁塞尔孔院还在圣尼克拉斯市的“兄弟学校”设立了汉语教学点。布鲁塞尔孔院学员中有成人，也有大中小学生。为适应社会对学习汉语和了解中国文化的需求，孔院开设了汉语课程班和文化课程班。汉语课程班包括：初、中级儿童班（6个年级）；华裔儿童初、中级汉语授课班（3个年级）；初、中、高级成人班（6个年级）；高级汉语研修班（从7年级水平起）；暑假成人和儿童的初级汉语强化班。其中，高级汉语研修班是布鲁塞尔孔院的一大特色，其学员已经对汉语和中国文化拥有较深入的了解和研究，常年参加汉语和中国文学、历史、社会、文化等方面的研究学习。文化课程班包括：中国书法课、中国绘画课、气功课、太极课、中国厨艺课、围棋课等。孔院还举办各种文化交流活动，让更多的当地人了解中国国情与文化，如春节联欢活动、学年结业典礼、孔子学院日/孔院开放日、国庆联欢活动等。孔院还不定期地举办各种主题的文化和学术研讨会及讲座。从2018年年初起，孔院举办面向比利时儿童的中国文化营（每期一周，全年8期左右），采用全汉语沉浸式教学方式。