圣多美和普林西比大学孔子学院为圣普国首家孔子学院，是在中国和圣普2016年12月复交后，于2018年9月5日在时任中国国务院总理李克强和时任圣普总理特罗瓦达的共同见证下，由中国驻圣普大使与圣普驻华大使在北京签署协议设立。 圣多美和普林西比大学孔子学院于2019年7月10日由圣普总理、中国驻圣普大使、湖北大学校长和圣普大学校长共同揭牌。揭牌仪式在圣普国民议会礼堂举行。圣普内阁部长、教育部长、文化部长、青年体育部长、圣普师生代表、社会各界人士及华人华侨数百人出席。圣多美和普林西比大学孔子学院汉语教学在中方团队于2019年4月抵达圣多美后正式启动，当年招收学生215人。2020年上半年注册学生105人，下半年中方三名国际中文教师志愿者全部任期届满离任回国，新任汉语教师因新冠疫情无法到岗，原计划汉语教学未能实施。2021年4月新任中国汉语教师抵岗，学期中间逐步恢复汉语教学，开设新班4个，学生60余人。2021年10月底，中方团队其余人员到任，孔子学院中文教学开始逐步恢复。截至2022年上半学期，孔子学院共招收注册学员681人，覆盖圣普大学三个校区，其中为圣普大学教育与传播学院开设的汉语课程已被该专业课程学分体系认可。