O Instituto Confúcio na Universidade de São Tomé e Príncipe é o primeiro Instituto Confúcio no país. Após o reatamento das relações diplomáticas entre a China e São Tomé e Príncipe em dezembro de 2016, a 5 de setembro de 2018, o Primeiro-Ministro Li Keqiang e o então Primeiro-Ministro de São Tomé e Príncipe Patrice Trovoada sob o testemunho conjunto, o Embaixador da China em São Tomé e Príncipe e o Embaixador de São Tomé e Príncipe na China assinaram um acordo em Pequim. O ensino de chinês do Instituto Confúcio na Universidade de São Tomé e Príncipe foi lançado oficialmente após a chegada da equipa chinesa à São Tomé em abril de 2019. Nesse ano, estavam inscritos 215 alunos. No primeiro semestre de 2020, foram inscritos 105 alunos, todos os professores voluntários deixaram seus cargos e retornaram à China após o término da missão. Os novos professores chineses ficaram impossibilitados de trabalhar devido à nova pandemia do Coronavírus e o plano original de ensino chinês não foi implementado. Em abril de 2021, chegou ao cargo o novo professor de língua chinesa. O ensino de chinês foi retomado gradualmente no meio do semestre e foram abertas 4 novas turmas, com um total de mais de 60 alunos. A partir do primeiro semestre de 2022, foram matriculados um total de 681 alunos, abrangendo os três campus da Universidade de São Tomé e Príncipe. O curso de chinês oferecido para o ISEC foi reconhecido pelo crédito do sistema para este curso.