科摩罗大学孔子学院的前身是科摩罗大学孔子课堂，科摩罗大学孔子课堂于2012年12月签约成立，2014年7月正式揭牌运营。2018年，科摩罗大学孔子课堂升格为科摩罗孔子学院，在大科摩罗岛和昂儒昂岛设有两个教学点，教学点现有专用教学场地800平方米，各类中文图书400余册，开设大学、中学、社会班等共16个汉语教学班，总计超过500名学员。近年来，孔院开设了多种课程进行教学，中国文化课程包括中国舞蹈、中国音乐、中国画、剪纸、书法、少林武术等；职业培训课程有中餐面点、中医针灸按摩等；汉语课程涵盖精读、口语、听力、阅读、文化、实践汉语、商务汉语等内容。教学所用教材包括《HSK标准教程》《新实用汉语课本（法文版）》《汉语教程》《汉语会话301句》《商务汉语》等。孔院定期举办各类文化活动，每年举办“汉语桥”世界大、中学生中文比赛，努力让中科两国的民众更加了解彼此，增进友谊。