2006년 11월 7일 베이징에서 전 한판(漢办主任) 부주임 마전페이(馬箭飛) 와 전 동서대학교 박동순(朴东顺) 총장이 공자아카데미 설립을 위한 협력 협약을 체결했다. 2007년 4월 3일 동서대 공자아카데미가 정식으로 문을 열었고, 중국 측 협력기관은 산동(山東)대학이다. 동서대 공자아카데미는 한국 남부의 아름다운 해안도시인 부산시에 위치해 있다. 공자아카데미 산하에 공자 교실은 부산시 내 지산고등학교와 창원시 경일고등학교 2곳이 있다. 동서대 공자아카데미는 본교부와 교외 양정교육관이 있고, 본교부는 약 350㎡로 공자학원의 업무장소·문화체험장소·도서자료실이 있으며, 교외 양정교육관은 약 1000㎡로 로비 1개, 강의실 4개, 사무실 1개가 있는 주요 수업장소이다. 로비에는 중국여행선전과 문화체험장소가 있다. 공자아카데미에는 현재 만 권의 도서가 있다. 동서대 공자아카데미의 특색은 언어교육과 문화교육 두가지를 모두 중요시하는 것이다. 공자아카데미는 1년에 4학기로, 학기마다 12주 또는 8주 수업제를 운영하고 있다. 동서대 중문학과 전공학점 과정, 동서대학교 내 학생 외국어 학점 과정, 공자학원 학생 초·중·고급 중국어 말하기 회화 과정, HSK 과정, 중학교 중국어 교사 양성 과정 등을 운영하고 있으며, 부산 및 주변 지역을 대상으로 중국어 교사 양성 과정도 운영하고 있다. 교사의 현지화 양성을 중시하고, 중국어 교사 양성 프로그램, 중학교 중국어 교사 교육 연구 및 양성 프로그램, 한국 공자아카데미 교육 세미나 프로그램 등을 운영한다. 2012년 제7회 공자학원대회에서 동서대 총장인 장제국 동서대 공자아카데미 이사장이 '글로벌 공자학원 선진 개인' 칭호를 받았다.